On a l’habitude de recouvrir le pain au moment où l’on récite le Kiddouch pour deux raisons :

1 – D’après la Halacha, selon le principe des priorités concernant la récitation des bénédictions, on devrait faire la bénédiction de Motsi (pour le pain) avant la bénédiction de Boré Péri Haguéfen (pour le vin).

Mais, étant donné qu’à priori, on doit faire le Kiddouch que sur du vin ; c’est pour cela que l’on cache le pain (pour ne pas lui faire honte).

2 – Pour se rappeler que la Mane (nourriture qu’Hachem faisait tomber dans le désert) était recouverte des deux côtés (comme dans une boîte).

C’est pour cela, que l’on pose une nappe sous les ‘halots (pains) et une autre au-dessus.

De la même façon, on recouvrira les gâteaux ou les mézonot au moment du Kiddouch. 

(‘Hazon Ovadia Volume 2 sur Chabbat)